Ces commissions analysent des propositions législatives à travers l'adoption de rapports, proposent des amendements en plénière et désignent une équipe de négociateurs pour mener les négociations avec le Conseil sur la législation de l'Union. Elles adoptent également des rapports d'initiative, organisent des auditions d'experts et contrôlent les autres institutions et organes de l'Union.
Des commissions temporaires et d’enquêtes viennent s’ajouter aux commissions parlementaires permanentes. Elles sont constituées suite à la demande d’un quart des députés validée par la Conférence des présidents puis par la plénière. Elles sont mises en place pour une période de 12 mois. L’objet des investigations de la commission temporaire peut déborder du cadre strict de l’application du droit communautaire alors que l’objet de l’enquête ne peut porter que sur des allégations d’infraction au droit communautaire.

La série se compose de 18 commissions permanentes (industrie et commerce extérieur, culture, économie, agriculture, budget, environnement, pêche, affaires constitutionnelles, affaires juridiques, développement, emploi, droits de la femme, transports, droits des citoyens, contrôle budgétaire, affaires étrangères, développement régional, relations économiques extérieures) et 7 commissions temporaires (échelon, génétique, régime de transit communautaire, unification allemande et renforcement de la sécurité en mer, fièvre aphteuse, qualité dans le secteur de la viande).
Les dossiers contiennent diverses typologies de documents : ordres du jour et procès-verbaux des réunions, projet d’avis et avis, rapports, propositions de directive et de résolution, notes, indications de votes et amendements, auditions d’experts…

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