Les réunions des ministres représentent l'apex des activités du Conseil. La formation normale est celle qui réunit les ministres des Affaires étrangères. Mais à cette formation, dans laquelle le Conseil se réunit pratiquement chaque mois, viennent s'ajouter des Conseils "techniques", composés par les ministres de l'Agriculture, des Transports, des Affaires sociales, des ministres de l'Economie et des Finances, de l'Energie…
Le Conseil se réunit sur convocation de son président.
Il délibère sur les questions inscrites à l'ordre du jour. Celui-ci est divisé en deux parties A et B. Sont inscrits en partie A les points sur lesquels une approbation par le Conseil est possible sans débat (il en est généralement ainsi des points sur lesquels un accord est réalisé au sein du Comité des représentants permanents). Au contraire les points inscrits en partie B supposent un débat et peuvent, si celui-ci ne conduit pas à un accord, être renvoyés au Comité des représentants permanents.
Il est établi un procès-verbal de chaque session qui comprend, en règle générale, sur chaque point de l'ordre du jour la mention des documents soumis au Conseil, les décisions prises ou les conclusions auxquelles le Conseil a abouti, les déclarations faites par le Conseil.
Bien que les sessions du Conseil CEE et celles du Conseil CEEA (Euratom) aient généralement donné lieu à la création des dossiers d'archives distincts, certains dossiers concernent des réunions conjointes CEE-CEEA.
En 1963, avec le premier veto gaullien à l'entrée de la Grande-Bretagne et la poussée inflationniste en France, Italie et Pays-bas, la Communauté connaît la première crise de son existence. En dépit de ces difficultés, le Conseil a :
- procédé à une nouvelle accélération du désarmement douanier au 1er juillet 1963 et à un nouveau rapprochement du Tarif extérieur commun ;
- organisé les marchés de nouveaux produits agricoles : produits laitiers, viande bovine, riz, matières grasses ;
- renforcé la coopération en matière de politique monétaire et financière en créant à cet effet un conseil des gouverneurs des banques centrales et un comité de politique budgétaire et en adressant aux Etats membres une première recommandation pour une action concertée dans le domaine de la politique conjoncturelle ;
- préparé la grande négociation commerciale entre les parties contractantes du GATT ( " Kennedy round " ) qui a officiellement débuté le 4 mai 1964 ;
- procédé à la signature, le 12 septembre 1963, d'un accord d'association avec la Turquie.
- engagé, sur le plan institutionnel, en octobre 1963, des discussions sur les modalités d'une fusion des exécutifs

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