Les quatrièmes élections du Parlement européen au suffrage universel direct ont eu lieu du 10 au 13 juin 1999. Les citoyens européens ont élu 626 députés dans quinze pays pour un mandat de cinq ans.
A l’issue de la cinquième élection au suffrage universel direct, la française Nicole Fontaine a été élue le 20 juillet 1999, à la présidence du Parlement européen. L’irlandais Pat Cox lui a succédé le 15 janvier 2002.

Le fonds contient les dossiers organisés de l'activité législative du Parlement européen (5ème législature) et fera l'objet d'un inventaire détaillé par les Archives historiques du Parlement européen prochainement.
Compte tenu de la lettre des traités et de la structure interne de l'Assemblée, la plupart des dossiers sont liés à l'activité des commissions parlementaires (rapports parlementaires et procès-verbaux des réunions) et au déroulement de la séance plénière. Le fonctionnement du Parlement est établi par un règlement interne prévoyant des procédures spécifiques. L'organisation des dossiers reflète l'activité des organes de l'Assemblée (principe du respect des fonds). L'activité du Parlement fut établie par un règlement interne qui prévoyait des procédures spécifiques.
La procédure la plus répandue était celle des rapports parlementaires, selon laquelle, sur la base d'un document des exécutifs ou d'une initiative interne au Parlement, une commission parlementaire proposait à la séance plénière un rapport sur lequel le Parlement devait se prononcer en l'approuvant ou en le rejetant. D'autres procédures décrites dans le règlement ont pris du poids au fil du temps notamment les questions parlementaires.
Pour la période de 1999 à 2004 les commissions parlementaires traitaient les thématiques suivantes :
- Affaires politiques et questions institutionnelles
- Politique commerciale et coopération économique avec les pays tiers
- Agriculture, pèche et développement rural
- Politique sociale et emploi
- Budget
- Affaires juridiques
- Libertés civiles, Justice et Affaires intérieures
- Politique économique, monétaires et industrielles
- Politique régionale et aménagement du territoire
- Culture, jeunesse, éducation, médias et sports
- Droits de la femme et de l’égalité des genres
- Transports et Tourisme
- Politique de la recherche, du développement technique et de l’énergie
- Environnement, santé publique et sécurité alimentaire.

Des commissions temporaires chargées d'examiner des questions spécifiques ont également vu le jour pendant cette législature notamment en 2001 concernant la génétique humaines et les autres technologies de la médecine moderne.
A la suite de plusieurs incidents provoquant des pollutions dans les eaux européennes au cours de la séance du 6 novembre 2003, le Parlement a également décidé de constituer une commission temporaire sur le renforcement de la sécurité maritime.
Au cours de sa séance du 5 juillet 2000, le Parlement européen a décidé de créer une commission temporaire sur le système d'interception ECHELON (système mondial d’interception des communications).

On trouve également des documents concernant l'activité des commissions parlementaires mixtes d’association, des délégations aux assemblées parlementaires multilatérales et autres délégations interparlementaires (Bulgarie, Hongrie, Lituanie, Lettonie, Russie, Roumanie, Suisse, Chypre, Etats du Golfe, Maghreb, Estonie, République Tchèque, Israël, Japon, Malte, Australie, Nouvelle-Zélande et pays d’Asie centrale) notamment les comptes rendus des réunions interparlementaires, la correspondance et des notes.
Les procès-verbaux des séances plénières et les documents provenant des organes de direction du Parlement, notamment, le Bureau, les Questeurs et divers groupes de travail n’ont pas encore été versés à Florence.

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