Après la guerre de Bosnie, l'ex-République socialiste de Yougoslavie est déchirée par un nouveau conflit armé au Kosovo entre 1998 et 1999. Ces deux dossiers illustrent de manière approfondie la gestion des programmes d’assistance par la DGIA pour tenter de stabiliser la région, la reconstruire et aider le retour des réfugiés. A cette fin, la Commission institue en son sein une Task force Kosovo, travaille à la mise en place d’une Agence européenne de reconstruction et recourt aux financements déployés dans le cadre du programme Obnova.