François Lamoureux débute à la Commission européenne comme administrateur au Secrétariat général. Il s’occupe ensuite des dossiers Agriculture et Pêche au Service juridique (1980-1984). En janvier 1985, il entre au cabinet du Président Jacques Delors où les dossiers Concurrence et Sidérurgie lui sont confiés. Il exerce en outre une responsabilité majeure dans la relance institutionnelle communautaire. Il suit en effet les travaux des Comités Dooge pour les questions institutionnelles et Adonnino pour l’Europe des citoyens. Il contribue d'autre part à la rédaction du Livre blanc sur le Marché intérieur et à l’élaboration de l’Acte unique. Nommé chef adjoint de cabinet (1989-1991), il veille à la coordination des travaux pour l'Objectif 1992 et assure le lien avec les deux conférences intergouvernementales qui mèneront au traité sur l'Union européenne.
En septembre 1991, François Lamoureux assume les fonctions de directeur adjoint au cabinet d’Edith Cresson à Matignon. Il est chargé des questions économiques, budgétaires, industrielles et sociales. Ayant réintégré la Commission dès le printemps 1992 comme conseiller juridique principal, il travaille à la mise en œuvre de la subsidiarité.
Fin 1993, il est nommé directeur de la Politique industrielle qui se déploie dans le cadre du « Livre blanc sur la croissance, la compétitivité et l'emploi » (1993). En 1995, sous la Présidence Santer, il est nommé chef de cabinet d’Edith Cresson, commissaire Recherche, Education et Formation. A la fin de la même année, il est promu directeur général adjoint des Relations extérieures et prend la tête de la DGI A qui s'occupe des Relations avec l’Europe de l'Est et les Nouveaux Etats Indépendants. Dès 1996, il préside le Groupe interservices ‘Élargissement’, gérant également à ce titre le dossier de l’ex-Yougoslavie.
Fin 1999, François Lamoureux est nommé directeur général des Transports avec l’adjonction, en 2000, de l’Energie. Il travaille notamment à la mise en place d’un marché européen de l’Energie et pousse à l’adoption du Livre blanc sur les Transports (09/2001).
François Lamoureux guide également le groupe de fonctionnaires auquel le Président Romano Prodi confie la rédaction d’un projet de traité constitutionnel européen en parallèle aux travaux de la Convention. Le résultat sera le document ‘Pénélope’ (12/2002).
Muté au Secrétariat général par la Présidence Barroso (2006), il préfère retourner à sa carrière universitaire. Il décède la même année à seulement 59 ans.
(Notice rédigée par Catherine Previti Allaire, Archives Historiques de l’Union européenne, 2016).
Cf. Catherine Previti Allaire, « François Lamoureux à travers ses archives », François Lamoureux architecte de l’Europe, Paris, Institut Jacques Delors, 2017, pp. 38-41.