Fin 1995, François Lamoureux est nommé directeur adjoint à la direction générale des Relations extérieures où il prend la tête de la DGI A chargée des Relations avec l’Europe et les Nouveaux Etats Indépendants (NEI).
Suite à la récente chute du Mur de Berlin en 1989 puis à l’effondrement de l’Union soviétique, François Lamoureux se trouve notamment confronté à la gestion des grandes mutations qui s'ensuivent.
3 directions ‘géographiques’ se trouvent placées sous sa responsabilité :
. Direction B : Pays d’Europe centrale et orientale (PECO)
. Direction C : Nouveaux Etats indépendants (NEI) qui couvre les relations avec les 12 pays issus de l’ancienne URSS, plus la Mongolie
. Direction D : Pays de l’ex-Yougoslavie (Balkans) -sauf la Slovénie- et les pays EFTA (Suisse, Norvège)
Tacis comprend un volet dédié à la réalisation de programmes de sécurité nucléaire, complété avec des prêts Euratom (la centrale de Tchernobyl a explosé en 1986) ; à l’application de la stratégie de pré-adhésion
Dès 1996, François Lamoureux préside le groupe interservices ‘Élargissement’ dont les travaux aboutiront, en dernier ressort, à « l’Agenda 2000 » (1999) élaboré pour offrir une vision cohérente du futur de l'Union au seuil du XXIe siècle, face notamment au défi de l'élargissement. Il pilote ensuite la stratégie de pré-adhésion des Pays d'Europe centrale et orientale (PECOs) encadrée en mars 1998, deux semaines avant l'ouverture des premières négociations, par la conclusion d’une série de 'Partenariats pour l'adhésion'. Son équipe doit ainsi procéder à l’examen analytique de l’acquis communautaire (ou 'screening'), à des rapports réguliers au Conseil européen, à l’Institution Building, aux investissements nécessaires, à l’ouverture des programmes communautaires pédagogiques... Pour surmonter les difficultés de la transition vers l'économie de marché (aggravées par la crise financière russe) et favoriser l’ancrage démocratique, la DGIA dispose des programmes d’aide communautaires Tacis, Phare et Taiex, désormais mieux gérés et décentralisés : une adoption de l’acquis communautaire que la DGIA est appelée à examiner au cours d’un régulier 'screening'. Tacis comprend en outre un volet dédié à la réalisation de programmes de sécurité nucléaire, complété avec des prêts Euratom : il s’agit d’éviter la répétition du drame de l’explosion de la centrale de Tchernobyl en 1986.
S'ajoute la question de l’ex-République socialiste de Yougoslavie avec, dans ce cas aussi, la gestion des programmes d’assistance suite aux guerres qui ont ravagée la Bosnie (1992-1995) puis le Kosovo (1998-1999). De manière plus large, il s'agit d'opérer, au coeur d'un écheveau d'instances internationales, une tentative 'd’européanisation des Balkans' selon l'expression que François Lamoureux emprunte au ministre français des Affaires étrangères, Hubert Védrine. Enfin, du côté EFTA, François Lamoureux s'enorgueillit des 7 accords sectoriels bilatéraux qu'il parvient à signer avec la Suisse en juin 1999 (libre circulation des personnes, agriculture, marchés publics, conformité des produits, recherche et développement technologique, transports). Ils concluent quatre ans de négociations ouvertes après le refus du gouvernement helvète de rejoindre l’Espace économique européen, en 1992.