François Lamoureux prend part aux travaux de deux groupes de réflexion non-officiels en matière de réforme institutionnelle, le Club de Cetona et le groupe Plaza. La création du Club de Cetona est motivée par la nécessité de préparer la conférence intergouvernementale de 1996 destinée à réviser les dispositions institutionnelles du traité de Maastricht en vue du futur élargissement. Alors que ses fonctions de conseiller au Service juridique arrivent à échéance, François Lamoureux participe en septembre 1993 à un séminaire dont le but est également, selon ses propres termes, de ne pas laisser carte blanche aux "intégristes libéraux", favorables à un Europe intergouvernementale. La première réunion a lieu au domicile de Tommaso Padoa-Schioppa, vice-directeur de la Banca d'Italia, d'où l'appellation Groupe de Cetona, devenue parfois Groupe Toscane-Ardennes en raison de réunions organisées à Fenffe. Y participent Renaud Dehousse -professeur à l'Institut universitaire européen-, Enrique Baron Crespo -ancien président du Parlement européen-, René Foch -secrétaire général du Comité d'action pour l'Europe-, Franz Froschmaier -journaliste à "Die Zeit"-, Stanley Crossick et Max Kohnstamm -Belmont European Policy Center-, Emile Noël -secrétaire général de la Commission- ainsi que le professeur Cristoph Bertram... Leurs travaux aboutissent en 1997 à publication du livre "Europe. The Impossible Status quo" sous la direction de Renaud Dehousse, au nom du Club de Florence qui trouve à l'occasion son appellation définitive.
Début 1994 sont également mis en route les travaux du groupe Plaza, du nom de l’hotel Plaza Athénée, situé avenue Montaigne à Paris, où se retrouvent le président Jacques Delors, ses proches à la Commission François Lamoureux, Michel Petite et Justine Lacroix, le président de l'Organisation française du Mouvement européen Jean-François Poncet, l'ancienne ministre française chargée des Affaires européennes Elisabeth Guigou, le député européen Jean-Louis Bourlanges, le professeur Jean-Louis Quermonne et le juriste Laurent Cohen-Tanugi. Il s'agit à nouveau de réfléchir à l'adaptation des institutions à une Europe élargie en considérant la possibilité d'avant-gardes et de dénoncer les éventuels égarements de la conférence intergouvernementale qui s'apprête à débuter.