Comme le CEA, l'EURATOM est une lourde machine. Son action s'élabore notamment au travers des plans quinquennaux, dont la préparation fait l'objet de débats, et qui sont soumis aux limitations et aux procédures pesantes du budget. Les politiques européennes des Etats mènent à des crises telles que l'absence puis la démission du premier Président de la Commission d'Euratom, Louis Armand (1959), et le non-renouvellement de son successeur, Etienne Hirsch, à la fin de 1961.