Le 1 juillet 1967, la fusion des trois Commissions en une seule entraîne la disparition de la Commission d'EURATOM, et celle de sa Direction de la Recherche et de l'Enseignement. Jules Guéron devient Conseiller général de la Commission unique. Il s'engage pleinement dans cette mission, dont le caractère virtuel se révèle rapidement. Il présente sa démission en juillet 1968. Il recevra le titre de Directeur général honoraire à l'EURATOM. Ces papiers constituent un témoignage de l'ironique lucidité du fonctionnaire face à des événements sur lesquels il n'a que peu de prise.