Après avoir participé aux négociations de Val Duchesse, Jules Guéron est chargé par l'Administrateur Général du CEA, Pierre Guillaumat, de la préparation d'un premier programme estimé à 100 Millions de Francs. En 1958, il est nommé Directeur général pour la recherche et l'enseignement de la Communauté atomique (Euratom). Ce poste disparait en 1967 par suite de la fusion des trois exécutifs en la Commission européenne, auprès de laquelle il devient Conseiller spécial. Il démissionne à la fin 1968. Pendant dix ans il aura oeuvré avec tenacité pour la création et le développement d'une recherche et d'une industrie nucléaires européennes, en opposition à ceux qui voulaient limiter Euratom au soutien docile des entreprises nucléaires nationales.