Le budget du CIFE est alimenté par différentes sources de financement. L'organisation dispose de ressources propres, issues des droits d'inscriptions, des abonnements à sa revue "L'Europe en formation", de la vente de ses livres. Elle bénéficie également de subventions accordées par la Communauté européenne et en second lieu, par différentes organisations internationales (crédits de l'OFAJ, crédits de l'OTAN pour l'organisation d'un colloque spécialisé...). Les gouvernements nationaux sont également contributeurs ainsi, qu'en moindre mesure, les administrations locales et régionales, les fondations et les entreprises privées. Leurs parts varient au fur et à mesure du développement du CIFE. La nécessité constante de trouver des fonds a donc accentué la diversification des sources de financement (tandis que l'éventail didactique et géographique du CIFE aussi s'élargissait). Cette pluralité du support financier, malgré sa complexité, représente pour l'organisation une garantie d'indépendance.