Le Secrétariat général de la Commission européenne a joué un rôle central dès les premières années de la construction européenne, non seulement en assurant des fonctions administratives essentielles au sein de la Commission, mais aussi en contribuant au développement d’un système de gouvernance cohérent en facilitant les relations entre la Commission et les autres institutions européennes. La décision de créer un Secrétariat exécutif pour soutenir le travail du Collège des Commissaires fut prise dès les premiers mois de 1958, lors de la mise en place de l’organisation de la Commission. Walter Hallstein, premier président de la Commission, insistait sur la nécessité de bâtir « une grande administration », bien qu’il n’existât alors aucun modèle préexistant pour structurer cette nouvelle organisation. Le Traité de Rome avait considérablement élargi les compétences communautaires par rapport à celles de la CECA, dont l’administration légère et flexible, inspirée par Jean Monnet, ne suffisait plus. Le principe de collégialité était au cœur du fonctionnement de la Commission, nécessitant un soutien administratif substantiel pour assurer son bon fonctionnement.

Les règles de procédure internes de la Commission, rédigées dès février 1958, définissaient les responsabilités du Secrétariat exécutif. Celui-ci devait assister le président dans la préparation et la tenue des réunions de la Commission, assurer la transmission et le suivi des décisions du Collège, coordonner les relations écrites avec les autres institutions communautaires et maintenir les liens administratifs avec l’Assemblée des Communautés ainsi qu’avec d’autres assemblées européennes. Bien que de petite taille en 1958, avec une vingtaine de fonctionnaires, le Secrétariat exécutif jouait un rôle clé dans la cohérence des processus décisionnels et institutionnels de la Communauté. Il était structuré en trois unités principales. Le Greffe était chargée de préparer les travaux du Collège, d’organiser son agenda et de rédiger les procès-verbaux. Les Liaisons intérieures veillaient à la diffusion et à l’application des décisions de la Commission et informaient les Commissaires de l’actualité communautaire. Enfin, l’unité en charge des Relations avec les institutions communautaires assurait le contact avec le Conseil, l’Assemblée, la Cour de justice ainsi que les institutions des autres Communautés, notamment la CECA et Euratom.

Émile Noël fut nommé Secrétaire exécutif de la Commission du Marché commun en 1958 avant de devenir le premier Secrétaire général de la Commission fusionnée en 1967. Normalien et haut fonctionnaire français, il possédait un réseau influent au sein des élites françaises et européennes. Son expérience au Conseil de l’Europe et dans la rédaction des Traités de Rome lui conférait une légitimité qui dépassait son simple rôle administratif. Dès le début, il perçut le Secrétariat non seulement comme un organe administratif, mais aussi comme un acteur central dans la consolidation de l’identité institutionnelle de la Commission. Il joua un rôle clé dans la rédaction du règlement intérieur de la Commission et du Statut du personnel européen et participa activement aux négociations qui aboutirent à la fusion des exécutifs des trois Communautés en 1967. Sous la présidence de Hallstein, Noël mit en place des pratiques favorisant la coordination entre les différents services de la Commission. Il organisa des réunions hebdomadaires avec les Directeurs généraux et leurs adjoints, présida les réunions des chefs de cabinet des Commissaires afin de préparer le travail du Collège et représenta officiellement la Commission dans les réunions administratives interinstitutionnelles, notamment celles du COREPER. Son rôle s’étendait également au renforcement du Secrétariat en tant que mémoire institutionnelle et garant du respect des procédures internes.

L’extension des compétences communautaires augmenta considérablement la charge de travail du Secrétariat exécutif. Le nombre de fonctionnaires passa de 36 en 1958 à 77 en 1965. À la fin du mandat de Hallstein, l’ambition de construire une administration capable de répondre aux exigences de la Commission était en grande partie réalisée. Le Secrétariat exécutif avait évolué d’un simple service de soutien à une entité essentielle à la coordination et à la stabilité institutionnelle de la Communauté européenne.