Créée le 1er janvier 1958 à la suite de la signature des traités de Rome le 25 mars 1957, la Commission de la Communauté européenne de l’énergie atomique a été instituée par les six États membres fondateurs afin de promouvoir le développement coordonné et pacifique de l’énergie nucléaire en Europe. Le Traité prévoyait la mise en place d’un marché commun nucléaire, une politique d’approvisionnement garantissant l’accès équitable aux ressources, ainsi qu’un système de contrôle strict visant à assurer l’usage exclusivement civil de l’énergie atomique. Il accordait également une attention particulière à la protection de la santé et à la sécurité, tout en encourageant les investissements, la recherche scientifique et les échanges de connaissances.

L’Euratom est entrée officiellement en vigueur le 1er janvier 1958, avec la nomination de Louis Armand en tant que premier président de sa Commission. Sous sa direction, une priorité immédiate fut accordée à la diplomatie nucléaire extérieure, ce qui se traduisit par la conclusion rapide d’accords de coopération nucléaire avec les États-Unis et le Royaume-Uni entre 1958 et 1959. Conscient de l’importance de la visibilité internationale et des alliances stratégiques, Louis Armand considérait que l’accès précoce aux technologies nucléaires étrangères permettrait d’accélérer la consolidation institutionnelle d’Euratom et d’affirmer la légitimité de la Communauté sur la scène internationale.
À partir de 1959, alors que la Commission d’Euratom s’attacha à réorganiser son fonctionnement interne, elle fut rapidement confrontée à une duplication des infrastructures de recherche entre les États membres, à une fragmentation des investissements, ainsi qu’à la mise en œuvre parallèle de programmes techniques. Cette situation mettait en lumière les tensions inhérentes à la coexistence d’ambitions nationales affirmées et d’un projet communautaire encore en phase de consolidation. Les programmes nucléaires nationaux continuaient ainsi de se développer en marge du cadre européen, plutôt que s’y intégrer pleinement. Soucieux de préserver leur souveraineté scientifique et technologique, de nombreux gouvernements, privilégiaient le renforcement de leurs capacités nationales avant d’envisager un transfert effectif de compétences vers une structure supranationale.

En 1959, Étienne Hirsch succéda à Louis Armand à la présidence de la Commission Euratom. Cette nomination marqua une étape significative dans l’évolution de l’institution, traduisant le passage d’une phase fondatrice à une phase de consolidation administrative et de structuration interne. Alors que la présidence Armand s’était distinguée par une diplomatie nucléaire active — notamment en direction des États-Unis et du Royaume-Uni — la Commission dirigée par Hirsch s’attacha à inscrire l’action d’Euratom dans une logique de rationalisation et de planification communautaire.

Sous la présidence de Hirsch, la Commission œuvra au renforcement du Centre commun de recherche afin d’en faire un instrument central de l’expertise nucléaire européenne. Dans ce cadre, elle chercha également à affirmer son autorité dans des domaines sensibles tels que la normalisation des standards de sûreté, le contrôle des matières fissiles et la gestion des politiques d'approvisionnement, autant de champs dans lesquels la marge de manœuvre communautaire entrait fréquemment en tension avec les intérêts des États membres.
Dans le cadre des accords conclus entre le gouvernement de la République italienne et la Commission d’Euratom, le Centre commun de recherche nucléaire d’Ispra fut établi en 1959. La Commission en assuma la gestion à partir du 181ᵉ jour suivant l’entrée en vigueur de l’accord instituant le Centre.

L’action de la Commission présidée par Hirsch se heurta aux résistances des gouvernements nationaux, en particulier celles de la France, soucieuse de préserver sa souveraineté énergétique et industrielle. La décision de Charles De Gaulle de ne pas renouveler le mandat d’Hirsch, contrairement aux intentions des cinq autres États membres, traduisait clairement son opposition aux orientations supranationales poursuivies par la Commission sous la présidence d’un dirigeant dont l’européanisme était jugé excessivement «zélé». En décembre 1961, Pierre Chatenet fut nommé président de la Commission. Sous sa présidence, l’accent fut mis sur la gestion opérationnelle et diplomatique de la Communauté, notamment à travers le rôle de l’Agence d’approvisionnement et le contrôle des matières fissiles. Le mandat de Chatenet prit fin en 1967, avec la fusion des exécutifs des Communautés européennes, qui donna naissance à une Commission unique.

La Commission Euratom avait pour mission essentielle de veiller au respect du principe de coordination entre les États membres. Elle assurait la bonne application du Traité et disposait, à ce titre, du pouvoir de formuler des avis et des recommandations. Elle était également chargée de la gestion des relations extérieures de la Communauté, soit en menant des négociations directes avec des États tiers, soit en s’appuyant sur l’Agence d’approvisionnement en tant qu’instrument d’action extérieure. En tant qu’institution communautaire, elle présentait chaque année un rapport à l’Assemblée parlementaire européenne, devant laquelle elle était politiquement responsable.
La Commission supervisait les activités du programme commun de recherche, tandis qu’Euratom disposait par ailleurs d’une capacité d’action internationale fondée sur des principes de coopération et de non-prolifération. Parmi ses priorités figurait l’accès équitable aux matières fissiles et aux équipements nucléaires. À cette fin, le Traité instaura une politique commune d’approvisionnement visant à garantir une distribution régulière et équilibrée des matières premières et des combustibles nucléaires entre les États membres. La création de l’Agence d’approvisionnement d’Euratom traduisit concrètement cette volonté de centralisation et de régulation.

Le programme de recherche commun reposait sur une planification quinquennale, permettant d’inscrire l’action scientifique de la Communauté dans une perspective de continuité et de cohérence. Ce modèle de coopération structurée conduisit progressivement à la mise en place du Centre commun de recherche nucléaire, institution incarnant la vision d’Euratom d’un progrès scientifique partagé dans le domaine de l’énergie atomique.

La composition de la Commission était initialement définie par l’article 8 du traité Euratom, une disposition abrogée en 1967 à la suite du traité de fusion, qui institua une Commission unique pour les Communautés européennes. Lors de sa mise en place, la Commission Euratom était composée de cinq membres, représentant chacun l’un des États fondateurs, à l’exception du Luxembourg, qui ne disposait pas de programme nucléaire actif et ne fut donc pas représenté. Les membres de la Commission étaient désignés d’un commun accord par les gouvernements des États membres.
En février 1958, la Commission Euratom structura son fonctionnement interne en instituant neuf directions, qui allaient constituer l’architecture organisationnelle de l’institution. Chacune était chargée de superviser un domaine spécifique relevant de la politique nucléaire, de la coordination technique ou de la gestion administrative. Cette structuration visait à établir une répartition claire des responsabilités et à doter Euratom d’un appareil administratif capable de soutenir ses ambitions.

Secrétariat exécutif :
Le Secrétariat était placé au centre des liaisons internes, tant interinstitutionnelles qu’intercommunautaires. Il assurait le secrétariat du Comité scientifique et technique et comprenait le service du porte-parole. En collaboration avec les directions et les services de la Commission, il contribuait également à l’élaboration du rapport annuel que celle-ci était tenue de présenter à l’Assemblée.

DG II Recherche et enseignement :
Chargée de la coordination et de la mise en œuvre des activités de recherche, de développement et d’enseignement prévues par le traité, elle assurait l’élaboration des programmes communautaires, la coopération avec les États membres et les pays tiers, ainsi que la diffusion des résultats.

DG III Économie et industrie (1958-1961) :
Industrie et économie (1961-1967)
Chargée des questions industrielles et économiques, elle contribuait à la définition et à la mise en œuvre d’une politique coordonnée visant le développement de l’industrie nucléaire. Elle entretenait des relations avec les acteurs du secteur et procédait notamment à l’analyse des applications et des usages des radio-isotopes, dans une perspective de planification à moyen et long terme.

DG IV Approvisionnement (1958-1960) :
Elle avait pour mission de définir la politique d’approvisionnement de la Commission, en analysant le marché des matières fissiles et en anticipant les risques de pénurie. Elle assurait également la supervision juridique, commerciale et financière de l’Agence d’approvisionnement, tout en lui déléguant les tâches issues des accords conclus avec des États tiers. Cette direction générale fut supprimée lors de l’entrée en fonction de l’Agence d’approvisionnement, le 01/06/1960.

DG V Relations extérieures (1958-1961) :
DG IV Relations extérieures (1961-1967)
Chargée d’assister la Commission dans le développement des relations extérieures, la direction des relations extérieures contribuait à l’établissement et au maintien de liens avec les pays tiers et les organisations internationales, afin de promouvoir l’usage pacifique de l’énergie nucléaire. Elle exerçait cette activité, seule ou en coopération avec d’autres directions, dans trois domaines principaux : les affaires générales, les relations avec les États tiers et celles avec les organisations internationales.

DG VI Contrôle de sécurité et régime de propriété (1958-1961) :
DG V Contrôle de sécurité (1961-1967)
Chargée du contrôle des matières nucléaires, elle assurait le suivi des quantités, des mouvements et des transformations des matières. Il s’appuyait sur la connaissance des installations, la comptabilité et l’inspection, tout en contribuant au respect des engagements internationaux d’Euratom.

DG VII Diffusion des connaissances (1958-1961) :
DG VI Diffusion des connaissances (1961-1967)
Chargée de mettre en œuvre les dispositions du traité relatives à la diffusion des connaissances, cette direction veillait à faciliter l’accès aux savoirs techniques nécessaires à la réalisation des objectifs de la Communauté, notamment par la communication et la concession de licences. Elle coordonnait également la diffusion interne des informations de nature technique, tandis que les informations à caractère politique relevaient du service du porte-parole.

DG VIII Protection sanitaire (1958-1961) :
DG VII Protection sanitaire (1961-1967)
Chargée de la mise en œuvre des dispositions du traité en matière de protection sanitaire, elle couvrait l’élaboration et l’harmonisation des normes de base, l’évaluation technique des installations présentant des risques radiologiques, ainsi que l’inspection et le contrôle des niveaux de radioactivité. Il incluait également l’étude des enjeux sociaux liés à la protection sanitaire et le développement d’activités de documentation et de recherche dans ce domaine.

DG IX Administration et personnel (1958-1961) :
DG VIII Administration et personnel (1961-1967)
Chargée des questions relatives à la gestion interne de la Commission, elle assurait l’administration du personnel et est également responsable de l’organisation administrative générale. À ce titre, elle veillait à la coordination des activités administratives et au soutien opérationnel des différentes directions de la Commission.

DG IX Budget et finances (1961-1967) :
Chargée des questions financières et budgétaires prévues par le traité, cette direction assurait la coordination et les relations avec les autres Communautés, les institutions communes, les États membres et l’ensemble des instances concernées.