Mobilisé en 1939, Jules Guéron est détaché au laboratoire de M. Delépine au collège de France. Le 20 juin 1940 il gagne Londres et s'engage dans les Forces Françaises Libres. Il y crée le Laboratoire de Chimie de l'Armement. A partir de décembre 1941, il est détaché au "Department of scientific and industrial research (DSIR), Directorate of tube alloys". Il est affecté à l'équipe qui poursuit au Cavendish Laboratory de Cambridge des recherches sur la libération de l'énergie nucléaire dans la fission de l'uranium. Membre du Comité national français à Ottawa puis de la Mission scientifique française en Grande-Bretagne, il participe de janvier 1943 à 1946 au groupe anglo-canadien basé à Montreal. Il en est successivement le sous-directeur puis le directeur de la Division de Chimie.