Le conseil des gouverneurs rassemble les ministres désignés par chacun des 28 Etats membres, généralement les ministres des finances. Il définit les orientations de la politique de crédit, approuve les comptes et le bilan annuels, décide de la participation de la Banque à des opérations de financement à l’extérieur de l’Union européenne, ainsi que des augmentations de capital.
Par ailleurs le conseil des gouverneurs nomme les membres du conseil d’administration, du comité de direction et du comité de vérification.
Deux comités indépendants rendent compte chaque année au conseil des gouverneurs (un comité d’éthique et de conformité et un comité consultatif sur les nominations).
Chaque Etat-membre assure par rotation la présidence du conseil des gouverneurs pour un an, par ordre alphabétique et sans rapport avec la présidence du Conseil. Le Conseil des Gouverneurs se réunit une fois par an mais l’intervalle les décisions peuvent être prises par correspondance écrite ou électronique.