Conformément au contrat de dépôt conclu le 17/12/1984 entre l'Institut universitaire européen (Archives historiques de l'Union européenne) et la Commission des Communautés européennes, auquel la Cour des comptes européenne a adhéré dans un second temps, la Cour a versé ses archives historiques en deux tranches aux Archives historiques de Florence: une première en 2005 qui comportaient les dossiers créés entre 1977 et 1992, et une autre en 2018, comportant les dossiers de 1992 à 1997. Le Service d'Archives de la Cour des comptes de l'Union européenne conserve à Luxembourg une copie de ses archives sur support numérique et une copie analogique (sur microfiches) de tous les dossiers déposés.
Le fonds d'archives de la Cour des comptes européennes est ouvert au public directement en ligne sous format électronique selon la règle des trente ans en vigueur pour les fonds d'archives des institutions de l'Union européenne: trente ans après la date de leur création les documents d'archives sont consultables par le public intéressé. Le fonds contient tous les dossiers de travail de la Cour depuis sa création en 1977 jusqu'à 1997. Ces dossiers incluent les rapports (annuels, spéciaux, et spécifiques) et les avis émis par la Cour ainsi que les documents internes, y compris des documents d’information (INF), les documents préparatoires issus des travaux des groupes d’audit (GA) ainsi que les documents de travail du collège de la Cour en vue d’une prise de décision (DEC). La documentation présente dans le fonds reflète ses fonctions statutaires et l'activité inhérente à son propre fonctionnement.
Le second versement publié en 2019 inclut les avis de la Cour de l'Union européenne de 1992 à 1997, les documents de travail du Collège de 1992 à 1997, les documents issus des groupes d’audit de 1993 à 1997, les documents d’information de 1992 à 1994 ainsi que les rapports de la Cour de 1992 à 1997. Suivant la règle des trente ans, les dossiers autres que les rapports et les avis de ce second versement seront ouverts à la consultation en tranches annuels en janvier de chaque année

Tous les rapports et avis préparés par la CCE sont publiés à la fois sur le site web de la Cour des comptes et au Journal officiel de l'Union européenne, dans toutes les langues officielles de l'UE.

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