Face à l'autonomie financière acquise par les ressources propres, les pays membres réorganisent par le traité de Bruxelles signé le 22 juillet 1975, le contrôle des comptes des Communautés en augmentant les pouvoirs budgétaires du Parlement européen et en créant la Cour des Comptes européenne (CCE). La CCE s’installe à Luxembourg et entre en fonction en octobre 1977 dès l'achèvement du processus de ratification du traité. Elle est établie sous l'impulsion du président de la Commission du contrôle budgétaire du Parlement européen, Heinrich Aigner, qui plaide dès 1973 pour un organe de contrôle externe au niveau communautaire.
Le traité de Bruxelles confie à la CCE unique aux Communautés la tâche d'examiner les comptes de la totalité des recettes et dépenses des Communautés et de ses organismes, de contrôler la légalité et la régularité des recettes et dépenses et de s'assurer de la bonne gestion financière.
La fonction de contrôle étant un élément fondamental garantissant la gestion démocratique des affaires publiques, les traités successifs renforcent le rôle et les fonctions de la Cour des comptes européenne. Le Traité de Maastricht entré en vigueur le 01 Novembre 1993 reconnaît la Cour des comptes européenne comme l'une des sept institutions de l'Union européenne (avec le Parlement européen, le Conseil européen, le Conseil de l'Union européenne, la Commission européenne, la Cour de justice de l'Union européenne et la Banque centrale européenne) renforçant ainsi son indépendance et son autorité. La Cour des comptes européenne présente à partir de 1994 également, accompagnant son rapport annuel, une déclaration d'assurance (DAS) sur la gestion des finances des Communautés (plus tard Union européenne) qui atteste de la fiabilité des comptes, de leur légalité et régularité des opérations sous-jacentes. L'entrée en vigueur du traité d'Amsterdam de 1999 conforte la Cour dans son droit d'effectuer des audits en matière de bonne gestion financière, définit son rôle dans la lutte contre la fraude et accroît ses possibilités de former des recours devant la Cour de justice européenne. Le traité de Nice du 1er février 2003 confirme la pratique en vigueur selon laquelle le collège comprend un membre par État membre, autorise la Cour des comptes européenne à créer des chambres et souligne l'importance de la coopération de la Cour avec les institutions suprêmes de contrôle financier des Etats membres. En 2009, le traité de Lisbonne confirme le mandat de la CCE.
La Cour des Comptes européenne est la gardienne des finances de l'Union européenne dans l'intérêt de l'Union même.
Chaque année après la clôture de l'exercice financier, la Cour des comptes européenne publie le Rapport annuel. Elle peut également présenter à tout moment des observations pertinentes et objectives sur des questions particulières ainsi que rendre des avis à la demande d'une institution de l’Union européenne; ceci notamment sous forme de rapports et avis spéciaux. Les rapports annuels et spéciaux et les avis sont publiés au Journal officiel de l'Union européenne.
Les membres de la Cour des comptes sont nommés pour six ans. La liste des membres est établie conformément aux propositions faites par chaque État membre et leur mandat est renouvelable. Ils désignent parmi eux, pour trois ans, le Président, dont le mandat est également renouvelable. Les présidents de la CCE furent consécutivement Michael Murphy (à partir du 11 novembre 1977), Pierre Lelong (à partir du 18 octobre 1981), Marcel Mart (à partir du 18 octobre 1984), Aldo Angioi (à partir du 9 janvier 1990), André Middelhoek (à partir du 12 janvier 1993), Bernard Friedmann (à partir du 18 janvier 1996), Jan O. Karlsson (à partir du 18 janvier 1999), Juan Manuel Fabra Vallés (à partir du 16 janvier 2002), Hubert Weber (à partir du 16 janvier 2005), Vítor Manuel da Silva Caldeira (à partir du 16 janvier 2008), et Klaus-Heiner Lehne (à partir du 1 octobre 2016).

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Une publication spéciale publié en occasion du 35ième anniversaire de la Cour contient des réflexions et analyses sur l'histoire, le rôle et le cadre législatif de l'instuition.
Le règlement intérieur de la Cour des comptes de l'Union européenne actuellement en vigueur est le suivant .