L'idée de créer un institut d'enseignement supérieur européen est due à Salvador de Madariaga, président de la section culturelle du ME, après le Congrès de La Haye. Le Père A. Verleye, délégué belge au Congrès de La Haye avait proposé la ville de Bruges comme siège du futur Centre culturel européen. A la suite des négociations engagées avec la municipalité de Bruges, en octobre 1949 l'historien anglais John Bowle pouvait ouvrir la session inaugurale du Collège en présence de 22 étudiants. Le financement fut pris en charge par le Gouvernement belge et le fédéraliste néerlandais Henri Brugmans fut nommé recteur. Le Collège d'Europe ouvrit officiellement ses portes le 12 octobre 1950 en présence de 39 étudiants ressortissants de 18 pays. Il était conçu à la fois comme une école de cadres et une école des hautes études éuropéennes. Les étudiants étaient sélectionnés par des comités nationaux constitués de membres du Mouvement, de représentants du monde académique et d'anciens du Collège lui-même. Tous boursiers de leur pays d'origine, ils devaient disposer d'une formation universitaire complète et parler le français et l'anglais. Ils constituaient des équipes de recherche et de travail, sous la direction de professeurs non-résidents ayant une éminence européenne dans certaines disciplines (histoire, droit, administration publique).