La gestion du ME comportait quatre types différents de budget: le budget ordinaire du Secrétariat international, le budget des Conseils nationaux et des organisations affiliées, celui des conférences internationales et le budget spécial du ME. Le Secrétariat international fut financé jusqu'au 31 mars 1949 par l'United Europe Movement dans la proportion de 86,4%. Le sous-Comité financier, présidé par Edward Beddington-Behrens puis par Christian Monnier jusqu'en mai 1949, adoptait les règles financières du ME, le sous-Comité votait également le budget annuel du mouvement et fixait le montant qui devait être versé par chaque Conseil national. Au niveau international les activités du ME étaient fortement conditionnées par les versements des Conseils nationaux. Il était possible pour le ME, selon ses règles financières, de recevoir des contributions d'organisations qui n'étaient pas représentées à l'intérieur du Conseil international. Tel était le cas des contributions versées par l'American Committee on United Europe. En novembre 1950 l'ancien sous-comité financier fut remplacé par un Trésorier élu, l'industriel belge Baron René Boël. Une autre source de financement était représentée par les budgets des Conseils nationaux et des organisations affiliées pour leurs propres activités. Les conférences internationales organisées par le ME étaient financées avec des budgets particuliers, provenant en général du budget du Conseil national du pays dans lequel était tenue la conférence. Sous la présidence de Paul- Henri Spaak, il fut décidé que la majeure partie des contributions américaines devrait être consacrée à des activités particulières: c'est avec ces fonds que furent par exemple financées la Campagne européenne pour la jeunesse et le Comité d'Action pour la Communauté supranationale européenne.