Les organes directeurs de l'OFME comprennent: l'Assemblée générale de l'association, intitulée Conseil national, qui a pour tâche de fixer les directives des actions à entreprendre et de déterminer les objectifs du mouvement, le Conseil d'administration de l'association, dénommé Comité directeur, présidé par le Président de l'OFME qui peut déléguer ses pouvoirs au Président exécutif du Bureau. Ce dernier, choisi parmi les membres du Comité directeur est composé par le Président de l'OFME, le Président exécutif du Bureau, des deux premiers vice-présidents délégués, de vice-présidents et du trésorier. Le Bureau est élu pour deux ans. Le Président désigne un Secrétaire général. La durée de son mandat est normalement de trois ans. Jusqu'à la réforme des statuts de l'association, un organe dit délégation générale assurait la gestion des affaires du mouvement. Cette série regroupe les comptes rendus des réunions du Bureau, de la délégation générale, du Conseil national, du Comité directeur, la correspondance du président L. Leprince-Ringuet, la correspondance et les circulaires émanant du secrétariat ainsi que les rapports d'activité de l'organisation. La différence entre la correspondance classée sous le titre 'ordinaire' et celle classée sous le titre 'spéciale' émanant du secrétariat ou reçue par ce dernier , réside dans la typologie du courrier: le premier est un courrier d'affaires alors que le second est un courrier particulier où des inscrits ou des sympathisants de l'organisation envoyent à l'OFME leurs propositions concernant l'avenir de l'Europe.