Xénophon Yataganas est agent temporaire (1979) puis membre (1982) du Service juridique de la Commission européenne, essentiellement chargé du contrôle de la conformité juridico-linguistique de l’ensemble de l’acquis communautaire à l’ordre juridique grec. De 1988 à 1990, il est Détaché dans l’intérêt du service au Ministère des Affaires étrangères en Grèce en tant que conseiller du Ministre chargé des Affaires européennes. De 1991 à 1995, il est Conseiller juridique au Service juridique de la Commission. En 1995, il devient Chef d’unité à la DG XIX.C.1 "Réglementation financière, rationalisation des procédures et recouvrement des créances". En 1998, il devient Conseiller au Cabinet du Président Jacques Santer pour les questions budgétaires et agricoles. En 2001, il devient conseiller juridique au Service Juridique de la Commission affecté à l’équipe Institutionnelle, notamment chargé des relations avec le Médiateur. Il est Détaché le premier semestre de l’année 2003 à la Présidence Grecque de l’UE, chargé notamment du suivi de la Convention pour l’avenir de l’Europe et la rédaction du projet de traité constitutionnel. Il quitte la Commission en 2004.