Alfonso Mattera consegue la laurea in Giurisprudenza all'Università di Napoli (1958-1962) con una dissertazione sulla politica regionale della Comunità Economica Europea e poi si dottora in Scienze politiche.
Frequenta un periodo di tirocinio alla Commissione poi diventa funzionario ausiliario alla direzione generale del Mercato interno (dicembre 1963), dove svolge tutta la sua carriera.
Lavora in particolare, nel 1969, alla direttiva della Commissione 70/50CEE (alla base della giurisprudenza 'Cassis di Digione').
Dal 1977 al 1984, partecipa ai negoziati d'adesione della Grecia, della Spagna e del Portogallo.
Dal 1980 al 1985, è coinvolto nella messa a punto di un nuova filosofia d'azione per il Mercato interno (riconoscimento reciproco, armonizzazione industriale ed alimentare, prevenzione dei vincoli tecnici).
Dal 1980 al 2002 partecipa all'elaborazione delle 'comunicazioni interpretative'.
Nel 1985, la divisione da lui diretta è incaricata della stesura del "Libro Bianco per la realizzazione del Mercato interno" e poi delle relative direttive d'applicazione.
Dal 1995 al 2002, si occupa dei mercati pubblici e nel 1998 elabora una procedura d'intervento rapido. Dal 1998 al 2001, si occupa delle concessioni di servizi d'utilità pubblica.
Divenuto nel 2001 direttore generale aggiunto (grado A1), è promosso consigliere speciale (grado A 1) del Presidente dalla Commissione europea, Romano Prodi, nel dicembre 2002.
In questa veste segue i lavori sulla Costituzione europea. Partecipa ugualmente al lancio del Collegio europeo di Parma (settembre 2003) del quale assume la direzione accademica.
Durante la sua carriera, Alfonso Mattera ricopre numerosi incarichi accademici (Collegio d'Europa a Bruges, Università Bocconi a Milano, Università LUISS a Roma).
Le sue attività editoriali cominciano nel 1962 con la sua collaborazione a "La Voce Repubblicana". E' redattore capo della "Revue du Droit de l'Union Européenne" che fonda nel 1991.