Journaliste, Franco Maria Malfatti participa à l'expérience dossettienne (1949-1951). Il fut délégué national du Mouvement de la Jeunesse démocrate-chrétienne (Congrès d'Ostie, février 1951). Il adhéra au groupe de "Nuove Cronache" d'Amintore Fanfani.
F. M. Malfatti fut membre de la Direction centrale de la Democrazia Cristiana (DC). Il dirigea le Bureau de propagande, le Bureau Activité culturelles et la maison d'édition catholique "5 Lune". Il assuma également la direction de "Il Popolo" et de "La Discussione" (fondée par Alcide De Gasperi). En 1989 il fut placé à la tête du secrétariat politique de la DC par le Secrétaire politique Arnaldo Forlani. L'année 1958 le voit élu à la Chambre des Députés pour la circonscription de Pérouse-Terni-Rieti qu'il conserve lors des élections de 1963, 1968, 1972, 1976, 1979, 1983 et 1987, soit huit législatures. En juin 1970, il fut appelé à présider la Commission de la Communauté économique européenne, fonction qu'il exerça de juin 1970 à mars 1972.
Au sein du gouvernement italien, il exerça successivement les fonctions de sous-secrétaire à l'Industrie et au Commerce, aux Affaires étrangères, au Budget et au Plan (Programmazione). Il fut également ministre chargé des Participations d'Etat, des Postes et Télécommunications, de l'Instruction publique, des Finances et des Affaires étrangères. Il démissiona de ces dernières fonctions pour raisons de santé le 14 janvier 1980 (Premier ministère Cossiga).
F. M. Malfatti fut également Chef de la délégation italienne près le Conseil de l'Europe et l'Assemblée parlementaire de l'Union de l'Europe occidentale (UEO). Il fit oeuvre de publiciste en publiant des articles de référence historique sur la DC, dans des revues telles que "Per l'Azione" des jeunesses catholiques, "Cronache sociali" du groupe dossettien et "Nuove Cronache" du groupe des fanfaniens.