Créé en juin 1948 pour répondre aux questions posées par l'aide Marshall et la coordination des dossiers de l'OECE, le Comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne est chargé de coordonner, sous l'autorité du président du Conseil, l'action des divers départements ministériels et organismes participant à la coopération économique. Le rôle du Comité est «de préparer les décisions du conseil des ministres, d'élaborer les instructions nécessaires pour les négociations, puis de prescrire les mesures d'exécution nécessaires». Son Secrétariat général (SGCI) relève du ministère des Finances. Il restera longtemps fermé aux diplomates.

Conçu à l'origine comme une administration de mission spécialisée, le SGCI trouve un second souffle en 1952 avec la création de la CECA, dont il se voit confier la gestion et la coordination des dossiers à Paris, en liaison avec les administrations intéressées. Il devient aussi un acteur principal de la négociation à Luxembourg.

Avec la création de la CEE et de l'Euratom, un décret d'avril 1958 charge le Comité interministériel «d'élaborer les directives fixant les positions françaises au sein des Conseil des Ministres des Communautés et de préparer les décisions relatives à l'exécution des traités». Ces comités formés des ministres des Finances, de l'Industrie et du Commerce et des Affaires étrangères se réunissent de façon épisodique. C'est alors souvent au secrétaire général du Comité de fixer, après consultation des administrations, les positions françaises. Le SGCI organise des réunions, envoie des notes, diffuse des calendriers, c'est une courroie de transmission entre la Représentation permanente à Bruxelles et Paris. Sur certains dossiers techniques (agriculture, harmonisation fiscale) le SGCI s'écarte au cours des années 1960 de sa position de coordinateur pour prendre celle d'acteur, présentant des positions qui lui sont propres. Ce système est considéré au début des années 1970 par les partenaires de la France comme très efficace. Il inspire le Danemark et le Royaume-Uni lors de leur entrée dans la CEE en 1972.