La direction générale trouve son origine dans la réforme administrative par laquelle la Haute Autorité, jusque-là organisée en services aux contours souples, se dota d'une structure hiérarchique plus clairement définie. À partir de février 1960, ces services furent regroupés au sein de sept directions générales, tandis que l ‘organigramme précisant leur organisation et la répartition de leurs compétences entra en vigueur en juillet de la même année. Dans ce cadre, la DG III se vit attribuer un vaste champ de responsabilités, couvrant l'économie générale, l'énergie, la concurrence et les transports.
La création de la Direction générale répond directement à la crise charbonnière qui éclate à la fin des années 1950. Sous l’effet de la concurrence du pétrole, du gaz naturel et du charbon américain importé, les bassins de la Communauté sont confrontés à une surproduction massive et à l'accumulation de stocks invendus. Après le refus du Conseil, en 1959, de suivre sa proposition de déclarer l'état de crise manifeste, la Haute Autorité se voit contrainte de repenser la question charbonnière dans une perspective plus large, intégrée à l'ensemble des problématiques énergétiques. Cette réorientation se reflète dans l'intitulé même de la direction, qui associe économie et énergie, ainsi que dans la création d'une direction consacrée aux « autres sources d'énergie » - pétrole, gaz naturel, électricité - pourtant extérieures au champ d’application du traité de Paris. Le mandat de coordination énergétique confié à la Haute Autorité par le protocole conclu avec le Conseil le 8 octobre 1957 fournit le fondement de cet élargissement des compétences. Celui-ci conduit ensuite aux travaux du groupe inter-exécutif Énergie réunissant la CECA, la CEE et l'Euratom, puis à la conclusion du protocole d'accord relatif aux problèmes énergétiques d'avril 1964.
La direction exerça ses activités sous les présidences successives de Piero Malvestiti (1959-1963) puis de Dino Del Bo (1963-1967). Son organisation interne fit l’objet de deux réformes, intervenues en septembre 1961 puis en mai 1965.
Trois directeurs généraux se succédèrent à sa tête. Simon Nora assura cette fonction de février 1960 à janvier 1961, puis de nouveau de septembre 1961 à décembre 1962. Il fut remplacé par Jean Denizet, qui dirigea la DG de février 1963 à mai 1967 et en demeura le responsable le plus longtemps en poste.
Jacques Cros, jusqu’alors directeur général adjoint, lui succéda en juin 1967, quelques semaines seulement avant la disparition de la Haute Autorité. Entre 1961 et 1964, Rudolf Regul occupa les fonctions de directeur général adjoint auprès de Simon Nora puis de Jean Denizet.
L’existence de la DG III prit fin en juillet 1967, à la veille de l'entrée en fonctions de la Commission unique. En application du traité de fusion, la Haute Autorité fut intégrée à la Commission des Communautés européennes, tandis que les compétences de la direction générale furent redistribuées entre plusieurs directions générales de la nouvelle administration. Les domaines de l’énergie, de la concurrence et des transports furent ainsi pris en charge par des services désormais distincts.

La direction générale était compétente dans les domaines du développement économique général, de la politique énergétique, de la concurrence - y compris les ententes et les concentrations - ainsi que des transports. Ses attributions s’appuyaient sur plusieurs dispositions essentielles du traité de Paris. En vertu de l'article 46, elle préparait les « objectifs généraux », programmes prévisionnels destinés à orienter la modernisation et l'expansion de la production de charbon et d'acier, qui constituaient l'un des principaux instruments de la planification indicative mise en œuvre par la Haute Autorité. Au titre des articles 65 et 66, elle instruisait les affaires relatives aux ententes et aux concentrations dans ces secteurs, domaine dans lequel la Haute Autorité exerçait un pouvoir de décision supranational sans équivalent à l'époque. En application de l'article 70, elle assurait également le suivi des questions de transport, notamment en veillant au respect du principe de non-discrimination des tarifs appliqués au charbon et à l'acier.
À ces compétences directement issues du traité s'ajoutaient des responsabilités plus larges en matière d’analyse économique des entreprises - prix de revient et recettes -, ainsi que dans les domaines de la statistique, des études méthodologiques, de l'économie sociale et régionale. La direction suivait en outre l'évolution des autres sources d'énergie extérieures au champ du traité, en étroite collaboration avec les exécutifs de la CEE et de l'Euratom.
Cette compétence s'exerçait toutefois dans un cadre institutionnel partagé. La gestion courante des marchés charbonnier et sidérurgique, ainsi que le suivi des entreprises des deux secteurs, relevaient en permanence de directions générales spécialisées distinctes, la DG IV Charbon et la DG V Acier. La DG III intervenait quant à elle à un niveau transversal en charge de la prospective et de l'analyse économique d'ensemble.

L'organisation interne de la direction générale connut trois configurations successives.
Dans sa première mouture (février 1960 – septembre 1961), elle ne comportait aucun intermédiaire : six divisions numérotées relevaient directement du directeur général. La division « politique et structure » était chargée de l'analyse économique générale et de l’étude des structures industrielles ; « la division « Ententes et concentrations » instruisait les dossiers de concurrence ; « Économie des entreprises et documentation sur les entreprises » associait l'analyse des coûts à la collecte d’informations sur les entreprises ; « Études méthodologiques » développait les outils d'analyse économique ; « Autres sources d'énergie » suivait l’évolution des énergies concurrentes du charbon ; enfin la division « Transports » exerçait les compétences découlant de l'article 70 du Traité CECA.
Les quatre grands domaines d’activité de la direction générale, à savoir l’analyse économique, la concurrence, l’énergie et les transports se trouvaient ainsi réunis dès l'origine. Cette première configuration fut toutefois de courte durée : la plupart des divisions furent supprimées au 31 décembre 1960, tout comme la division chargée des ententes et concentrations en janvier 1961.
La deuxième configuration (septembre 1961 – avril 1965) introduisit un échelon intermédiaire et érigea au rang de directions la plupart des anciennes divisions. Six directions se partagèrent le domaine.
La direction A, « Politique économique », créée à cette occasion, regroupait les questions relatives au fonctionnement du marché, à l'économie sociale et régionale ainsi qu’à l'économie générale ; elle constituait ainsi le principal pôle d'analyse macroéconomique de l’institution.
La direction B, « Ententes et concentrations », formait quant à elle une unité compacte, dépourvue de subdivisions, entièrement consacrée à l’application des articles 65 et 66 du traité CECA.
La direction C, « Économie d'entreprises », réunissait les activités liées au prix de revient et aux recettes, d'une part, et aux études et analyses économiques d’autre part.
La direction D, « Études et structure », concentrait les fonctions de prospective : une première division y préparait les objectifs généraux pour le charbon et l'acier ainsi que le rapport prévu à l'article 46 du traité ; une deuxième élaborait les objectifs généraux en matière d'énergie prévus par le protocole de 1957 ; une troisième était chargée des études générales et des questions d’expansion économique.
La direction E, « Autres sources d'énergie », était organisée autour de deux pôles : l’un consacré au pétrole et au gaz naturel, l’autre à l’électricité et aux gaz manufacturés.
La direction F, enfin, exerçait les compétences en matière de transports, initialement réparties entre trois divisions chargées respectivement des affaires générales, des chemins de fer et de la navigation ainsi que des transports routiers.
Une réorganisation d'ensemble intervint en novembre 1963. Si elle maintint l’essentiel de l’architecture existante et conserva la plupart des divisions sous des intitulés inchangés, elle entraîna la suppression de la division « Études et analyses » de la direction C ainsi que de la division « Affaires générales » de la direction F.
La troisième configuration (mai 1965 – 1967) résulta d'une réforme plus profonde. La direction « Politique économique » fut supprimée, et toutes les directions suivantes remontèrent d'un rang dans l’organigramme. « Économie d'entreprises » abandonna alors son découpage fonctionnel au profit d'une organisation par produit, avec deux divisions distinctes chargées des prix de revient et des recettes, l'une pour le charbon, l'autre pour l'acier. Dans le même temps, la direction « Études et structures » absorba les attributions de la direction dissoute : les questions relatives au fonctionnement du marché ainsi qu’à l'économie sociale et régionale lui furent rattachées. Forte désormais de cinq divisions, elle devint le principal pôle d’analyse économique de la direction générale.
La réforme modifia également l'approche des secteurs productifs. Là où une seule division traitait auparavant conjointement du charbon et de l'acier, la nouvelle organisation distingua l'acier d'un côté et associa le charbon à l'énergie de l'autre. Le charbon cessait ainsi d'être envisagé comme l'un des deux produits du traité pour être intégré à une réflexion plus large sur les équilibres énergétiques. Cette évolution constituait la traduction administrative de la crise charbonnière et du renforcement de la coordination des politiques énergétiques engagées depuis 1957.
Ce redécoupage demeurait toutefois interne à la direction générale et n’affectait pas la répartition des compétences au sein de la Haute Autorité. Durant toute la période, celle-ci conserva en effet deux directions générales sectorielles distinctes, l'une pour le charbon, l'autre pour l'acier, chargées du fonctionnement des marchés et de la gestion courante de chaque industrie. À la DG III revenaient l'analyse économique d'ensemble et la programmation indicative, notamment l’élaboration des objectifs généraux prévus à l'article 46 du traité, menée en liaison avec les deux directions sectorielles.
La direction des transports retrouva, quant à elle, sa division des affaires générales aux côtés de celles chargées des chemins de fer et de la navigation-routes. Cette division couvrait les deux modes de transport terrestre autres que le rail : la navigation intérieure (Rhin, Moselle, canaux) et le transport routier. Ce découpage reprend le champ de la politique commune des transports défini par le traité de Rome, limité au rail, à la route et à la voie navigable ; les transports maritimes et aériens en restant exclus. C’est la seule direction dont les sources permettent de suivre l’organisation jusqu'au terme de la période, en juillet 1967.