Le fonds Spinelli a été déposé auprès des AHUE en vertu du contrat de dépôt signé le 26 mai 1988. Il est parvenu à Florence en quatre versements, échelonnés dans le temps entre 1988 et 1998. Les versements ont été efféctués par "l'Istituto Affari Internazionali" (photocopies) en 1991, par la "Fondazione Bolis" en 1991 (photocopies), par la famille Spinelli en 1992, et par Pier Virgilio Dastoli en 1998.

Les papiers Spinelli comprennent correspondance politique avec, entre autres, W. Eichler, L. Einaudi, R. Morandi, P. Nenni, M. Rollier, E. Rossi, I. Silone, G. Usellini, L. Valiani. Texte du "Manifesto di Ventotene" (Fédération européenne), essais politiques et philosophiques, articles de journaux et revues, discours, mémoranda, interviews, dossiers sur la création de l'Istituto Affari Internazionali (IAI), activités au sein du Parlement européen ("Club du Crocodile"). Correspondance politique et dossiers relatifs à ses fonctions en tant que commissaire européen.
Les premiers 44 dossiers du fonds, intitulés "Miei Scritti" et représentant le noyau originaire du fonds, collectent tous les écrits de Spinelli, à l'exception des "Diari" conservés par la famille.

Le classement du fonds a été effectué par Andrea Becherucci, mai 1998.

Le classement de 44 dossiers originels a respecté la structure établie initialement par Spinelli lui-même qui subdivise les classeurs portant la mention "Miei Scritti" selon l'année de référence. Pour tous les autres documents on a suivi la règle de la reconstitution selon un ordre thèmatique.

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La section européenne de la bibliothèque de Spinelli a été transferée aux AHUE en même temps que ses papiers personnels. Actuellement elle est intégrée dans la bibbliothèque des AHUE.