Sylvain Bisarre entre à la Commission en 1975 en tant qu’administrateur dans l’unité « FEOGA-Garantie » de la Direction générale du Contrôle financier (DGXX). De 1977 à 1980, il est chargé du suivi des affaires budgétaires et du contrôle financier au sein du cabinet du Commissaire au Budget, Christopher Tugendhat. Il est, de 1981 à 1986, assistant du Directeur Financier (Budget et FED) à la Direction Générale du Développement (DGVIII). Il est ensuite chef de l’unité FEOGA-Garantie dans la Direction générale des Budgets (DGXIX) jusqu’en 1989, quand il devient chef de l’unité GATT (affaires internationales) dans la Direction générale de l’Agriculture (DGVI). De 1991 à 1995, il est chef de l’unité Finances-Budget au sein de la Direction générale du Personnel et de l’Administration (DGIX). Dans cette même Direction générale, il est Directeur du Personnel de 1995 à 2000. Il rejoint le Secrétariat Général en 2000 en tant que Directeur du Greffe, fonction qu’il occupe jusqu’en 2003 quand il y devient Directeur « Programmation et coordination des politiques de la Commission ». Il quitte la Commisison en 2005.