Ludwig Schubert entre à la Commission européenne en 1965. De 1965 à 1980, il est administrateur, administrateur principal et, à partir de 1977, Chef de division à la
DG des Affaires économiques et financières. De 1980 à 1984, il est Chef de la division "Politiques monétaires nationales et communautaires" au sein de cette même DG. Il est Chef de cabinet adjoint du Commissaire Alois Pfeiffer de 1985 à 1987. De 1987 à 1992, il est Directeur des analyses et politiques macro-économiques, et, de 1992 à 1998, Directeur de la surveillance de l'économie communautaire. En 1999, il devient Directeur général adjoint auprès de la DG des Affaires économiques et financières et quitte la Commission en 2000.