De 1992 à 1995, Christine Roger est conseiller à la représentation permanente de la France auprès de l'Union européenne, conseiller PESC, et "antici" (suivi du comité des représentants permanents COREPER II). De 1996 à 1999, elle est conseiller au Cabinet du Président de la Commission européenne Jacques Santer pour les relations extérieures, la politique commerciale, le développement et la politique étrangère et de sécurité commune. Entre 1999 et 2004, elle est Directeur de cabinet de Michel Barnier, Commissaire européen responsable de la politique régionale et des questions institutionnelles, ainsi que président du groupe de travail de la Convention européenne sur la défense européenne chargé d'élaborer les propositions sur la défense et la sécurité pour le projet de Constitution européenne.