Marc Mouligneau, avant d'entrer à la Commission europénne, occupe différents postes de consuitant informatique en Belgique. De 1985 à 1986 il est administrateur de systèmes informatiques dans l'unité "Gestion immobilière et implantation des services" à la DG Personnel et administration de la CE. De 1986 à 1988, il est ISM adjoint chargé du secteur "Bruxelles", et de 1988 à 1991, Chef de secteur dans l'unité "Gestion immobilière", toujours à la DG Personnel et administration. De 1991 à 1992, il est responsable de la task-force "(Sortie du) Berlaymont", et de 1992 à 1998, Chef d'unité "Restaurants-économat", ensuite "Infrastructures sociales" à la DG Personnel et administration. De 1998 à 2000, il est Inspecteur puis conseiller auprès de l'Inspection générale des services de la Commission.