Hervé Jouanjean est diplômé de l'Institut d'Etudes Politiques en Economie et Finance, et titulaire d'un Master en Economie et d'un Master en Relations Internationales de l'Université de Paris.
Il entre à la Commission européenne en 1976 comme membre de la Task-force élargissement (GR, ES, PT) jusqu'en 1982, il participe au sein de la DG Relations extérieures aux négociations pour les accords textiles (Méditerranée - ACP) de 1982 à 1986. De 1987 à 1988, il travaille à la Division GATT à la DG Relations extérieures, et, de 1989 à 1993, est Chef d'unité "Dimension externe du marché intérieur" à la DG Relations extérieures. Il est Chef adjoint de la délégation à Genève auprès des organisations internationales de 1993 à 1995, et chef d'unité "OMC-OCDE" à la DG Relations extérieures de 1995 à 1996. De 1996 à 2003, il est Directeur de la DG Commerce en charge de l'OMC et de l'OCDE. Entre 2003 et 2009, Hervé Jouanjean est directeur général adjoint au Service européen pour l'action extérieure, en charge de l'Asie (y compris la Chine) et de l'Amérique latine et de 2009 à 2014, Directeur général de la DG budget.