De nationalité française, Dominique Deshayes entre en service à la Commission européenne en qualité de fonctionnaire stagiaire en 1976. De 1976 à 1981, elle est administrateur au Secrétariat général, Direction du Greffe (division du Rapport général et des autres rapports périodiques), puis, de 1981 à 1986, administrateur (administrateur principal à partir du 1er août 1984) au Secrétariat général, Direction du Greffe (division des procédures écrites et des habilitations). Elle devient assistant du Directeur général des Budgets, Jean Claude Morel en 1986, puis, en 1988, assistant du Secrétaire général de la Commission, David Williamson. En 1989, elle est chef de l’unité “Personnel C et D” à la DG du Personnel et de l'Administration, jusqu’en 1991, quand elle devient chef de la division "Personnel B, C et D" à cette même DG. Elle occupe ce poste jusqu’en avril 1998, avant de devenir brièvement, jusqu’en septembre 1999, chef de cabinet adjoint de Mme Edith Cresson, Commissaire chargée de la Science, de la Recherche et de l'Education. Elle est ensuite conseiller à la DG ADMIN auprès de M. Reichenbach jusqu’en 2000.