Pierre Wathelet est docteur en droit de l'université de Liège (1949) et diplômé en relations internationales de l'Institut d'études politiques de Paris (1952).
De 1952 à 1956, il est avocat stagiaire à Liège. Il débute sa carrière à la Commission comme secrétaire du groupe de juristes du droit du travail à la Haute Autorité (1956-1958).
Passé à la Commission du Marché commun, il entre à la direction des Affaires sociales (DGV) où il est administrateur en charge de la politique du logement social (1958-1964).
Il passe ensuite à la direction "Emploi" où il rédige des études portant sur la comparaison des prévisions nationales et sur les perspectives de l'emploi en Grèce suite à l'accord d'association (1966-1971).
De 1972 à 1975, il est l'assistant du directeur général Raymond Rifflet puis de son successeur Michael Shanks. À ce titre, il suit la préparation du Programme d'Action sociale (PAS) tant à l'intérieur de la Commission (réunions des chefs de cabinet) qu'à l'extérieur (groupe du Conseil «Questions sociales») jusqu'à son adoption par le Conseil en janvier 1974.
De 1975 à 1978, il est le chef de la division "Administration et finances" du Fonds Social Européen. De 1978 à 1981, il est chargé de la coordination des questions sociales afférentes aux négociations d'adhésion de la Grèce, de l'Espagne et du Portugal.
De 1981 à 1984, il est le chef de la division "Systèmes d'information intégrés" dans la direction "Informatique" de la direction générale de l'Administration.
De 1984 à 1987, il est conseiller à la direction des Aides d'Etat de la direction générale de la Concurrence, puis de 1988 à 1991, chef de la division "Documentation, questions informatiques et greffe".
Pierre Wathelet est également de 1958 à 1964, l'un des fondateurs et le premier secrétaire général du syndicat des fonctionnaires.
Il en outre l'auteur de divers articles et enseigne à l'Institut d'études européennes de l'Université Libre de Bruxelles de 1973 à 1993