Laureato in filosofia all'Universià Cattolica di Milano, Filippo Maria Pandolfi si dedica all'insegnamento e quindi all'attività editoriale come dirigente d'azienda in una casa editrice specializzata in testi scolastici. E' eletto per la prima volta deputato al Parlamento nel 1968. Rimarrà in Parlamento per tutte le legislature dalla quinta alla decima. Esordisce nel 1974 come Sottosegretario alle Finanze nel governo Moro-La Malfa. Sarà successivamente ministro delle Finanze nel luglio 1976, nel marzo 1978 passa al Tesoro. Nel 1980 diventa ministro dell'Industria e dal 1983 al 1988 ministro dell'Agricoltura. Viene nominato membro della Commissione europea nel 1988 con la competenza per la Ricerca e lo Sviluppo tecnologico in carica fino al 1992.