Jacob van der Lee studeerde rechten aan de Vrije Universiteit Amsterdam (1946) en aan de Sorbonne te Parijs. Vervolgens behaalde hij zijn Ph D aan het St. John’s College te Cambridge (1949-1951) met de dissertatie Divergencies in international law with special reference to the law of the territorial waters. Van 1947 tot 1948 maakte hij deel uit van het kabinet van de minister van Landbouw, Visserij en Voedselvoorziening (LVV), S.L. Mansholt. Daarna werkte hij van 1948 tot 1951 voor het Regeringscommissariaat Buitenlandse Agrarische Aangelegenheden. Van 1951 tot 1958 was hij directeur Internationale Organisaties bij het ministerie van LVV. In 1958 trad hij in dienst bij de Commissie van de Europese Economische Gemeenschap als kabinetschef van vicevoorzitter Sicco Mansholt, belast met het gemeenschappelijk landbouwbeleid. Van 1958 tot 1966 was hij directeur Geassocieerde Landen bij het directoraat-generaal Ontwikkeling (DGVIII). Na zijn loopbaan bij de Gemeenschap was hij burgemeester; van 1966 tot 1973 van Dordrecht en van 1973 tot 1979 van Eindhoven. Van 1979 tot 1988 was hij lid van de Raad van State. Hij vervulde nog talrijke andere functies, waaronder: voorzitter Nationaal Comité Nederland van de Europese Culturele Stichting, voorzitter van de redactieraad van het tijdschrift Socialisme & Democratie, curator Leerstoel Europese Economische Integratie aan de Erasmus Universiteit, voorzitter Rijkscommissie van Advies voor de Bouw van Schouwburgen, Concertzalen en Musea en curator Nederlands Economisch Instituut te Rotterdam. Hij schreef ook verschillende artikelen voor Socialisme & Democratie.