Jean-Claude Eeckhout est docteur en Droit de l'université de Gand. D'abord attaché du secrétaire général de la Fédération bancaire de la Communauté Economique Européenne (avril 1962 - septembre 1964), il débute sa carrière dans les Communautés européennes à l'Euratom en devenant administrateur à la division 'Contrats et marchés' de la direction générale Recherche et enseignement. Après avoir été nommé en septembre 1967 assistant du directeur général, il entre dans les cabinets du commissaire Albert Coppé à la CEE (mars 1968 - décembre 1972) puis du vice-président de la Commission, Patrick Hillery (1973 – fin 1976). Sa carrière s'oriente ensuite vers le Secrétariat général où, exception faite d'un passage au cabinet du vice-président Etienne Davignon (juin-août 1977), il est successivement administrateur principal à la division 'Secrétariat des réunions de groupes et des réunions de chefs de cabinet' (janvier-mai 1977), chef de la division 'Rapport général et autres rapports périodiques' (septembre 1977-mars 1980), chef de la division 'Relations avec le Conseil II' (avril 1980-juillet 1985), directeur des Relations avec le Parlement européen, le Médiateur européen, le Comité économique et social et le Comité des Régions (août 1985-septembre 2001).
En octobre 2001, il est nommé directeur général honoraire, conseiller spécial du président de la Commission européenne Romano Prodi.