Après avoir obtenu sa licence en sciences économiques appliquées, Jean Durieux commence sa carrière à l'Office belge du Commerce extérieur. En 1958, il devient le chef de cabinet du ministre belge des Affaires économiques. Suite à une requête de Jean Rey, commissaire belge auprès du Marché commun, il est affecté à la direction générale du Marché intérieur de la Commission CE pour devenir le chef de la division 'Industrie' (juin 1958). De novembre 1959 à août 1960, il est détaché de la Commission comme chef de cabinet du ministre belge chargé des Affaires économiques et financières du Congo-Rwanda-Burundi. A partir de 1964, il est chef de division, directeur puis directeur général adjoint à la direction générale du Développement. Le commissaire Jean-François Deniau lui confie notamment le dossier du bassin sud-méditerranéen et Jean Durieux négocie à ce titre les premiers accords de la Communauté avec Israël et les pays du Maghreb autour de 1976. Il devient ensuite porte-parole de la CEE à la Conférence sur la coopération économique internationale (CCEI) à Paris (1976-1977). Après une parenthèse comme chef de cabinet du vice-président Davignon (1977), il exerce les fonctions de chef de la délégation de la Commission à la CNUCED III (1978-1979). De 1981 à 1984, il est à la tête du cabinet du président de la Commission, Gaston Thorn dont il est le représentant personnel pour la préparation des sommets économiques occidentaux (G7). Entre 1985 et 1990, il est conseiller hors classe puis directeur général des Relations nord-sud (Méditerrannée, Asie et Amérique latine). Il devient directeur général honoraire en 1990 et reçoit la nomination de conseiller spécial à la Commission.