Bachelier en droit, Jean Chapperon étudie à l’Ecole nationale de la France d’Outre-mer. Durant un stage dans l'administration territoriale de Guinée, il est mobilisé et fait la guerre dans les troupes d’infanterie africaines. Après le conflit, il est affecté comme administrateur au ministère de la France d’Outre-Mer à Paris, ce qui l'amène à effectuer de nombreuses missions. Il est ensuite chef de cabinet du secrétaire général de l’AOF puis directeur de cabinet du haut commissaire de la République française au Cameroun. Il travaille notamment à mettre en place les premières institutions politiques représentatives au niveau de l'AOF et de l'AEF. Au printemps 1962, il devient le chef de cabinet du commissaire français, Henri Rochereau chargé de la politique d’association prévue dans le traité de Rome et dans les conventions annexes. De 1970 à 1974, il est chef de cabinet du commissaire Jean-François Deniau qui lui confie le secteur de l'aide au développement. En 1974, il est nommé directeur honoraire et quitte la Commission. Jean Chapperon est officier de la Légion d’Honneur et Croix de Guerre. Plusieurs ordres nationaux d’Afrique et Madagascar lui on été également décernés.